Polimorfismo di conformazione del singolo filamento Principio di funzionamento | Applicazioni in biologia...
Biologia molecolare
inglesesequenze nucleotidicheelettroforesiDNA sequencing
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Un polimorfismo di conformazione del singolo filamento,[1] noto anche come SSCP (dall'inglese single-strand conformation polymorphism o single-strand chain polymorphism) è definito come la differenza di conformazione tra due sequenze nucleotidiche di identica lunghezza dovuta a differenze nella composizione delle sequenze stesse.
Questa qualità permette di separare e distinguere le sequenze attraverso un elettroforesi su gel.
Gel su cui sono state caricate sequenze caratterizzate da single-strand conformation polymorphism
Principio di funzionamento |
Una mutazione puntiforme (i.e. la variazione di un singolo nucleotide) in una sequenza di DNA a doppio filamento non può essere distinta per elettroforesi, poiché le sue proprietà fisiche sono pressoché uguali per entrambi gli alleli. Dopo la denaturazione il DNA a singolo filamento (ssDNA), ripiegandosi nelle tre dimensioni, assume una conformazione sequenza-specifica. La differenza tra le forme dei due ssDNA (selvatico e mutato) contribuisce a differenziarne la distanza di migrazione su gel durante una corsa elettroforetica, nonostante la lunghezza sia identica.
Applicazioni in biologia molecolare |
L'analisi dei SSCP era in passato usato come metodo per individuare nuovi polimorfismi senza la necessità di ricorrere a DNA sequencing, ma con il miglioramento in termini di efficienza ed accuratezza dei metodi di sequenziamento non viene più adoperato a tale scopo. Oggigiorno, gli SSCP sono utilizzati come marcatori diagnostici in biologia molecolare per individuare rapidamente le frequenze alleliche.
L'analisi dei SSCP è altresì ampiamente utilizzata in virologia per discriminare la variabilità genetica tra diversi ceppi virali, con l'idea che precise particelle virali presenti in entrambi i ceppi saranno diverse a causa di mutazioni e dunque differenziabili in base a questo metodo.[2]
Note |
^ Bruce R. Korf, Glossario, in Genetica Umana: Dal problema clinico ai principi fondamentali, Milano, Springer, 2004, p. 372, ISBN 88-470-0121-8.
^ Karen Sumire Kubo, R. M. Stuart, J. Freitas-Astúa1, R. Antonioli-Luizon, E. C. Locali-Fabris, H. D. Coletta-Filho1, M. A. Machado and E. W. Kitajima. Evaluation of the genetic variability of orchid fleck virus by single-strand conformational polymorphism analysis and nucleotide sequencing of a fragment from the nucleocapsid gene. Archives of Virology,
Official Journal of the Virology Division of the International Union of Microbiological Societies, 21 May 2009.
